Loonheffing is een heffing die NS als werkgever inhoudt op de salarissen van werknemers en vervolgens afdraagt aan de belastingdienst. In 2016 is in Nederland € 402 miljoen, in Duitsland € 5 miljoen en in het Verenigd Koninkrijk € 158 miljoen betaald. Over kosten wordt aan NS veelal het hoge omzetbelastingtarief in rekening gebracht. De in rekening gebrachte omzetbelasting kan NS verrekenen met over de opbrengsten te betalen omzetbelasting. De meeste opbrengsten van NS zijn belast tegen het lage of nul omzetbelastingtarief. Per saldo wordt over het gehele jaar bezien omzetbelasting ontvangen (in 2016: € 202 miljoen). In Duitsland heeft dit per saldo geresulteerd in een ontvangst van € 20 miljoen, in het Verenigd Koninkrijk in een ontvangst van € 179 miljoen en in Ierland in een ontvangst van € 3 mln. Vennootschapsbelasting is een belasting die over de fiscale winst wordt geheven. Per saldo is in 2016 in Nederland € 13 miljoen vennootschapsbelasting terug ontvangen. Deze ontvangst is het gevolg van het uitbetalen door de belastingdienst van te hoge (voorschot)betalingen uit voorgaande jaren en een voorlopige verliesverrekeningsbeschikking. In Ierland is in 2016 per saldo € 9 miljoen betaald en in het Verenigd Koninkrijk € 15 miljoen. Bovenstaande toelichting betreft enkel posten groter dan € 1 miljoen.