De borging van duurzaam ondernemen gaat via een formele organisatie die bestaat uit een Duurzaam Ondernemen Council, een Duurzaam Ondernemen Werkgroep, een communicatiewerkgroep en een aantal tijdelijke taakgroepen. Deze organisatie wordt ondersteund door een afdeling Programma Duurzamer Ondernemen, die in 2010 in het leven is geroepen (3 fte met een budget van jaarlijks € 250.000,-). De Council met daarin directieleden van de bedrijfsonderdelen en voorgezeten door de directeur Commercie & Ontwikkeling (lid raad van bestuur en portefeuillehouder Duurzaamheid), is een besluit- en beleidsvoorbereidend orgaan. Voorgenomen besluiten en beleid dat door de bedrijfsonderdelen en/of stafgroepen moet worden uitgevoerd, worden ter goedkeuring aan de raad van bestuur voorgedragen. Zowel in de werkgroep als de communicatiewerkgroep Duurzaam Ondernemen zitten (communicatie)vertegenwoordigers van de bedrijfsonderdelen van NS. Onderdeel van de strategie van NS is Duurzame mobiliteit. Deze strategie wordt door de bedrijfsonderdelen vertaald naar plannen en kpi’s. De plannen hebben betrekking op de 3 strategische thema’s Klimaatneutraal, Circulair en Inclusie.
De voortgang en ontwikkeling van de duurzame resultaten wordt vanaf 2010 via de reguliere planning, control en rapportagecyclus gevolgd en bestuurd. Vanaf 2012 maakt NS gebruik van een MVO-rapportagehandboek waarin staat op welke wijze duurzaamheidsinformatie gevalideerd en gerapporteerd wordt in de maand-, kwartaal- en jaarrapportages. Bij investeringsvoorstellen wordt naar het duurzaamheidseffect gevraagd.
Conform de Code is de raad van bestuur verantwoordelijk voor de voor NS relevante maatschappelijke aspecten van ondernemen (MVO) en de raad van bestuur legt hierover verantwoording af aan de raad van commissarissen en de Algemene Vergadering. Er hebben zich in 2016 geen wijzigingen voorgedaan in MVO-beleid en -doelstellingen.